優(yōu)良的辣醬類發(fā)酵劑應(yīng)來源于自然發(fā)酵的優(yōu)質(zhì)辣醬。發(fā)酵劑質(zhì)量的優(yōu)劣直接影響到最終產(chǎn)品的口感、風(fēng)味和香氣等感官特征。因此，優(yōu)良的發(fā)酵劑菌株對(duì)于研制辣醬發(fā)酵劑來說是十分重要的。自然發(fā)酵的辣醬風(fēng)味獨(dú)特，這與其中微生物的發(fā)酵作用是密不可分的。自然接種發(fā)酵的辣醬中微生物種類多，酶系豐富，可以達(dá)到微生物酶系互補(bǔ)和微生物代謝產(chǎn)物互補(bǔ)，但自然選擇很難使產(chǎn)品的品質(zhì)保持一致，難以適應(yīng)現(xiàn)代化大規(guī)模生產(chǎn)的要求。現(xiàn)在生產(chǎn)辣醬用的菌種來源有很大一部分是利用純種微生物的混合發(fā)酵而成的，既能夠保持產(chǎn)品的品質(zhì)基本一致，又能夠保證傳統(tǒng)辣醬產(chǎn)品的風(fēng)味和香氣等不會(huì)發(fā)生改變。

霉菌

在辣醬生產(chǎn)中起重要作用的就是霉菌，這其中包括米曲霉（Asp.oryzac）、黑曲霉（Apergillusniger）、醬油曲霉（Asp.sojac）和高大毛霉（Mucorspp.）等。自古以來，我國(guó)勞動(dòng)人民就已經(jīng)利用空氣中的米曲霉來生產(chǎn)黃醬和辣醬。現(xiàn)在辣醬生產(chǎn)采用米曲霉制曲，此菌株屬于黃曲霉菌群，但不產(chǎn)毒。該菌株適宜固態(tài)制曲，產(chǎn)生的蛋白酶活力高，還具有生長(zhǎng)快、易管理、較粗放和原料全氮利用率穩(wěn)定等特點(diǎn)。但單菌種制曲有酶系不全、酸性蛋白酶活力弱和原料全氮利用率低等缺點(diǎn)。近年來有許多研究者以多種霉菌混合制曲來提高辣醬類調(diào)味品。

酵母菌

醬類發(fā)酵過程中，酵母活動(dòng)的主要時(shí)期在醬類發(fā)酵的第2個(gè)階段。在霉菌分泌的蛋白酶、淀粉酶的作用及厭氧和高鹽環(huán)境下，促進(jìn)了酵母菌生長(zhǎng)。釀制醬的酵母菌主要為魯氏酵母（accharomycesrouxi）、醬醪結(jié)合酵母和球擬酵母（Torulopsisspp.）等。魯氏酵母稍有酒精發(fā)酵力，能由醇生成酯、琥珀酸和醬類風(fēng)味成分之一的糠醇，能增加醬類的風(fēng)味;醬醪結(jié)合酵母在醬醪發(fā)酵接近成熟期為多，能進(jìn)行酒精發(fā)酵，賦予醬特有的風(fēng)味。

細(xì)菌及乳酸菌

在醬生產(chǎn)中，可利用細(xì)菌代謝產(chǎn)物改善醬風(fēng)味，如乳酸菌在發(fā)酵過程中，能把葡萄糖分解成乳酸等有機(jī)酸，能在高鹽環(huán)境中生長(zhǎng)，它與酵母產(chǎn)生的醇類酯化成酯類物質(zhì)，如乳酸乙酯，能形成醬的特殊風(fēng)味。同時(shí)在一些低鹽食品的開發(fā)中，常利用乳酸菌代謝產(chǎn)生的有機(jī)酸和乳酸菌素等物質(zhì)來抑制一些腐敗菌的生長(zhǎng)，以達(dá)到降低食鹽用量的目的。